В региональной системе образования функционируют 36 государственных учреждений, подведомственных Департаменту образования и науки Курганской области.
В системе общего образования действуют Областной лицей-интернат для одаренных детей, Старопросветская школа и Областная дистанционная школа. В системе кадетского образования работают две губернаторских кадетских школы-интерната: в Шадринске и Куртамыше. В исправительных колониях работает вечерняя школа, имеющая несколько филиалов. Также функционирует сеть образовательных учреждений для детей с ограниченными возможностями здоровья (10 организаций для детей с нарушением слуха, зрения, речи, опорно-двигательного аппарата, ментальными нарушениями, тяжелыми множественными нарушениями развития).
Психолого-педагогическое и медико-социальное сопровождение осуществляет Центр помощи детям.
Профессиональное образование и обучение обеспечивают 15 организаций профессионального образования. Подведомственные колледжи, техникумы и их филиалы расположены в Кургане, Шадринске, 12 муниципальных округах и районах.
В сферах молодежной политики, воспитания и дополнительного образования работает многопрофильное учреждение – Центр развития современных компетенций, в структуру которого входят детские технопарки «Кванториум» в Кургане и Шадринске и Комплекс отдыха и развития в с. Чумляк.
Институт развития образования и социальных технологий – ведущее учреждение повышения квалификации и переподготовки руководящих и педагогических кадров.
Вопросами развития сферы детского отдыха занимается государственное учреждение «Содействие детскому отдыху», имеющее несколько круглогодичных и летних загородных лагерей.
Обеспечение жизнедеятельности учредителя и ряда государственных образовательных учреждений осуществляет Центр обеспечения деятельности государственных образовательных организаций.